本作发生在2005年，《生化危机4》和《生化危机5》之间，BSAA小组成员吉尔与及她的新搭档Parker Luciani，故事设定在一艘废弃的豪华游轮。吉尔与及新搭档Parker Luciani通过最后的GPS坐标去寻找克里斯。这艘船上每个角落都隐藏着危机，玩家将要在黑暗中面对着恐怖的威胁。
等待吉尔的新事件。隐藏在启示录中的故事是……克里斯的失踪……是事件的开端。收到了消息后的BSAA，决定派出两位精英去营救克里斯。其中一位是吉尔。另一位是她的新搭档帕克。吉尔根据通信记录追踪到正在地中海风暴中的轮船。在接近目标船只的时候，出现在她眼帘的是巨大的黑色船影。那时一艘幽灵船所化身的豪华客船。潜入船只之后发现满船都是异形生物。然后，等待着她的陷阱——突如其来的催眠瓦斯。在失去意识之前，她确实是看到了一个神秘的带着防毒面具的男人。究竟失踪的克里斯在哪里？吉尔和帕克能否从幽灵船中脱险？然后玩弄BSAA的防毒面具男的目的是？但是，吉尔还不知道这仅仅是阴谋的序曲……
游戏中加入了之前生化危机系列中“传统”的探索和解谜模式，以及生化危机4中的一些特点来实现这一点。他们在《生化危机4》后踏上了不同的道路，Kawata表示应该将游戏原来的体验重新搬出来。这一次，他们会着重表现游戏的恐怖和悬疑气氛，让玩家们感受到那种不敢前进的恐惧感。
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