参考的剧情包含PS2平台1/2、PS3平台3、以及PSP平台的奥林匹斯之链/斯巴达之魂，按照时间顺序讲的话，大概是这样的：
1、宙斯率领奥林匹斯众神战胜了他的父亲科洛洛斯，统治世界，他打造了潘多拉魔盒，里面装满了恐惧，灾难和罪恶等力量，在这个时候雅典娜偷偷地把她自己最强大的武器 “希望” 也放进了潘多拉魔盒,她的目的是等魔盒打开的那一天，她的力量能战胜宙斯的力量。
2、宙斯把潘多拉魔盒放在神庙里，并将他的父亲科洛落斯落流放到流魂荒漠并罚他背着潘多拉神庙。
3、宙斯把所有支持他父亲的泰坦们囚禁在地狱深渊塔尔塔罗斯
4、盖亚领导的巨人之战被宙斯镇压，一直伺机东山再起
5、宙斯与凡人女子生下奎托斯和德莫斯。一位智者曾预言，奥林匹斯将会被一个带着印记的战士所摧毁。宙斯和阿瑞斯相信这个传说中的战士就是德莫斯（奎的弟弟），因为他的弟弟生下来就有奇特的胎记。正当幼年的奎托和德莫斯训练的时候，阿瑞斯强行掳走了德莫斯，前去拼命的奎托斯被阿瑞斯踢到一边，并在奎的右眼处留下了疤痕。阿瑞斯本来想要杀掉奎托斯，但是雅典娜阻止了他（因为雅典娜早已知道，将要毁灭奥林匹斯的人并不是德莫斯，而是奎托斯）。德莫斯被抓走后，被囚禁于死亡之域，忍受着死神塔纳托斯的折磨。（PSP斯巴达亡魂）
成年后的奎托斯成为了斯巴达最出色的战士，在一次对抗蛮族的战斗中，为了战胜敌人，他把自己的灵魂卖给了阿瑞斯
6、阿瑞斯用奸计，诱使奎杀死了自己心爱的妻女。奎虽然把自己的灵魂给了阿瑞斯，但是还是很爱自己的妻女的。奎从此憎恨阿瑞斯，并从此开始作恶梦。
7、饱受噩梦折磨的他离开了阿瑞斯，找宙斯等众神帮忙，以摆脱噩梦，然后开始了十年的赎罪。
8、（PSP版奥林匹斯之链）在这十年中，他战胜了波斯大军，后来又拆穿了冥后的诡计（她释放了阿特拉斯，并指示阿特拉斯抓了赫里欧斯），杀死了冥后，救了太阳神，冥后死的时候支撑大地的柱子被摧毁，大地正好压在阿特拉斯身上，阿特拉斯就成了新的柱子。
9、(又回到1代，十年服务的末尾）在去雅典的路上，奎得知战神阿瑞斯正率领大军攻打雅典，雅典娜（因为她是雅典城的守护神）要求他去战胜阿瑞斯，然后就会将他从梦魇中解放出来。雅典娜告诉他凡人是不能战胜神的，要战胜神，奎需要潘多拉魔盒的力量。
10、奎在潘多拉神庙找到了潘多拉魔盒，但是在打开魔盒前被阿瑞斯一箭射死。
11、来到冥府的奎，最终在挖墓老人的帮助下，逃了出来，回到战场，打开魔盒，战胜了阿瑞斯。按照3代最后雅典娜的解释，这时奎打开了魔盒，将宙斯放在里面的邪恶力量全部释放了出来，但是在雅典娜的希望之力被放出来之前，魔盒就被关上了。而魔盒里跑出来的邪恶和恐惧之力削弱了战神阿瑞斯的力量，使得奎可以战胜神。（这点是根据希腊神话改编，原作是潘多拉打开了魔盒，释放了邪恶，但是在希望跑出来之前，潘多拉就关上了魔盒，所以魔盒里面一直有希望）“另外，3代里打开的空魔盒以及雅典娜在结尾说奎托斯在1代打开魔盒时就获得了希望之力，个人觉得可能确实1代就获得了希望之力，只是因为被仇恨之力压制而没有觉醒。而前面打败众神靠得不是希望之力而是仇恨之力。潘多拉也许知道盒子是空的，但她为了引导奎托斯解放心中的希望之力，而一路引导，并不惜牺牲自己。
最后一片黑暗的场景，应该就是奎托斯的内心世界，已经被仇恨力量所占领。但潘多拉的希望之火引领奎托斯最终找到了心中的潘多拉魔盒，唤醒了希望之力。
最后，得知雅典娜欺骗他后，奎托斯并没有向她复仇，因为他已经战胜了仇恨之力，所以选择将希望洒向人间，完成救赎！真的非常感动，奎托斯才是真正的神！！！”
12、虽然战胜了阿瑞斯，但是众神并没有兑现诺言将奎从噩梦中释放出来，所以奎准备自杀。在这个时候，奥林匹斯众神把他救了回来，并让他当上了新的战神。
13、虽然当上了新战神，但是噩梦还在一直继续着，（PSP斯巴达亡魂）饱受折磨的奎托斯不顾雅典娜的阻挠决心前去位于亚特兰蒂斯的波塞冬神殿调查他的身世。在那里他遇见了他的母亲卡莉希托，正当卡莉希托准备告诉奎托斯他的身世真相的时候，卡莉希托变成了一个妖怪（应该是受了宙斯的诅咒）。奎托斯被迫与自己的母亲作战。在卡莉希托临死之际，她感谢奎托斯将她从痛苦中解救出来，并恳求他去斯巴达城寻找他的弟弟德莫斯。在离开亚特兰蒂斯之前，奎托斯还释放了被囚禁的泰坦特拉，但这也造成了海底火山的爆发，从而导致了亚特兰蒂斯的毁灭。整个城市沉入了海底。在前往斯巴达的路上奎托斯干掉了挡路的厄因斯（死神塔纳托斯的女儿）。来到了斯巴达城以后，奎托斯去了战神神庙，神庙外有群士兵正在拉倒旧战神阿瑞斯的塑像，而准备立起奎托斯的塑像。进入神庙后，奎托斯见到了自己童年的魂魄，他才得知，为了救回德莫斯他必须返回已经沉入海底的亚特兰蒂斯，并踏入死亡之域。来到死亡之域后，奎托斯解救了被囚禁的弟弟德莫斯，但是德莫斯对此毫不感激，反而攻击奎托斯，因为他一直对奎托斯当年没有能把他从阿瑞斯手中救下的事情耿耿于怀。正当兄弟二人缠斗不止的时候，死神塔纳托斯抓走了德莫斯，并把他带到了万丈深渊之下的自尽之岩。在千钧一发之际，奎托斯救下了德莫斯，二人从归于好，并决心同心协力干掉死神塔纳托斯。三人陷入困斗，德莫斯为了帮助奎托斯而被死神杀死。见到死神杀死
了自己的弟弟，奎托斯怒火中烧，挥舞着燃烧的双刃把死神打回原形，并将死神虐杀。战胜死神后，奎托斯抱着弟弟的尸体来到了雅典城外的峭壁上，在这里他再次遇见了那位神秘的挖墓老人。在埋葬了弟弟之后，雅典娜赶来请求奎托斯的宽恕，但是奎托斯扔下了一句话，”众神们将会为此付出代价”之后，然后便转身返回了自己的战神宝座。之后，挖墓老人又抱来了奎托斯母亲卡莉希托的尸体，将其埋葬于德莫斯之旁，在他们旁边还有一个空着的坟坑，挖墓老人一人哼着歌一边说，现在就剩下最后一个了。（斯巴达亡魂结束）
之后的奎托斯对众神越发的不满，越来越嗜杀，并帮助自己的斯巴达军队到处作战。宙斯发现奎托斯已经不受控制了（其实宙斯已经被魔盒里面跑出来的恐惧之力感染了），就觉得想个办法除掉奎。
14、在奎和巨像战斗的时候，宙斯给了奎奥林匹斯之剑，此剑乃宙斯的阴谋，剑吸收了奎的神力，奎又变成了凡人，最后宙斯出现一剑杀死了奎。
15、来到冥界的奎得到盖亚的指示，奎有更重要的任务，应该去找命运三姐妹，穿过时光之门，回到他被宙斯杀死的时候，战胜宙斯。（盖亚也只是想利用他）。被宙斯欺骗后，奎就有了杀死宙斯的决心（我个人认为，奎很有可能在打开魔盒时感染了仇恨之力）。找到命运女神后，他们并不想帮奎的忙（她们其实是宙斯的女儿）。奎杀了三女神，自己穿过了命运之门，回到了之前被宙斯杀死的时候，打败宙斯（宙斯的力量已经被恐惧之力削弱了），就在奎准备一剑杀死宙斯的时候，半路杀出个雅典娜，帮宙斯挡了一剑。并告诉奎，他是宙斯的儿子。（被杀死的雅典娜其实并没有死，只是摆脱了肉身，而获得了更高的神力，这是她自己最后讲的。我估计她应该是没被之前释放出来的恐惧邪恶之力所伤，所以一直保持了强大的力量）
16、宙斯受伤后迅速逃离了战场，而奎用命运之门回到了巨人大战的时代（见上面4），告诉盖亚，宙斯已经受伤，他们可以穿过命运之门一起去攻占奥林匹斯。
按照计划，盖亚率领众泰坦们配合奎杀上了奥林匹斯山。在这里奎解决了波塞冬，波塞冬的死引发了大洪水，地面的城市被大水淹没。后来盖亚受到宙斯的袭击而跌落山崖，为了保住自己的性命，盖亚不愿救奎，并告诉他，他只不过是个棋子和工具而已，奎再一次被人欺骗了。
17、奎跌落冥界，在Styx河，因为没有神器护体，自身的力量被河中的亡灵抢走了一大半。奄奄一息的奎在冥界遇见了雅典娜的魂魄，雅典娜给了奎流亡者之刃，并晓以大义，说人类遭受宙斯和奥林匹斯诸神的压迫，要想拯救人类，就必须要战胜宙斯（这娘们将奎玩弄于鼓掌之间，其实是想找个机会干掉宙斯和诸神，然后自己一个人统治世界）。
18、在冥界，奎战胜了哈迪斯，哈迪斯也想报杀妻之仇（至于有人问，为什么哈迪斯之前还会帮奎，我的解释是冥后之前做的事情，应该是没有得到哈迪斯同意的，阿特拉斯是被宙斯囚禁的，冥后却放了阿特拉斯，如果被宙斯知道哈迪斯在其中也有份的话，肯定不会轻饶哈迪斯。而且奎当时是为奥林匹斯众神服务的，相当于是以宙斯的名义杀死冥后的。哈迪斯没有理由拒绝帮助。更何况，冥后还抓了太阳神，这个罪名可不轻。所以哈迪斯在这个事情上，只有做的漂亮些，才能躲过宙斯的怀疑，这个也是可以理解的。哈迪斯把他老婆的尸体好好收藏，将仇恨深埋于心，现在奎托斯成了反贼的头头，当然哈迪斯就可以名正言顺地报仇了。）拿了哈迪斯的勾魂锁链护体，奎得以从Styx河逃出。冥王死后，亡魂无人看管，整个冥界一片混乱。
19、在路上奎托斯得知，潘多拉魔盒还存在，而且被奥林匹斯之火保护着。他心想只要拥有魔盒的力量，就又有了弑神的力量。但是要想打开魔盒就必须要找到潘多拉，潘多拉是火神所造，非人非神，长期被奥林匹斯众神辱骂为妖怪。她是唯一能打开保护魔盒圣火机关的钥匙。火神非常疼爱潘多拉，并把她当成自己女儿一样看待。后来火神被宙斯痛扁后囚于冥界，而潘多拉则被囚于希腊神话中著名的迷宫Labyrinth，该迷宫由巧匠戴达罗斯所造。
20、在寻找潘多拉的路上，奎又相继杀死了盖亚，赫里欧斯，赫尔莫斯，赫拉和科洛洛斯
赫里欧斯死后，大地陷入了无尽的黑暗
赫尔墨斯死后，虫灾侵袭了世间
赫拉死后，花木枯萎
在杀死赫拉之前，奎还杀死同父异母的兄弟赫拉克勒斯，他嫉妒奎成为了战神，同为半神的自己做了这么多任务却什么都没得到（也许是被魔盒的嫉妒之力感染）
21、在见到潘多拉之后，他想起了火神和潘多拉之间的感情，火神就算被监禁，也终日思念自己的女儿，不停地为她打造金像，而潘多拉为了帮助”父亲”火神而不惜牺牲自己的决心也感动了奎托斯，他应该是更多的想到了自己的女儿。（后来火神为了保住潘多拉的性命，想尽办法要杀死奎，最后反被奎所杀）
22、最后潘多拉牺牲了自己打开了保护魔盒的奥林匹斯之火，奎打开魔盒，却发现里面是空的（其实并不是空的，奎得到了里面剩下的希望之力，但是他自己并没有发现，自己已经得到了雅典娜的神力）。在被宙斯死掐的时候，他看到了以前被他杀死的人，被他杀死的神，他们的血注成了血海，最后他还看见了自己思念已久的妻女。在希望之火（之所以说奎之前已经得到了希望之力，是因为他在这个时候，希望之火为他指引了道路）的指引下，他在幻境中再次找到了魔盒，并将其打开(其实这里是个很含蓄的表现手法，展示奎在临死的情况下认识到了自己已经有了希望神力)。在意识到希望之力的强大之后，奎醒了过来，并一鼓作气，打败了宙斯。
23、就当他大功告成的时候，雅典娜来了，要他交出魔盒里面的力量，奎这才意识到雅典娜一直在利用他。当雅典娜将一切和盘托出的时候，奎用圣剑刺穿了自己的身体，希望之力散播到了人间。雅典娜大怒，她认为人类不能控制希望之力。但是奎将希望给了世人，从此人类得到了世界上最强大的力量，一个可以战胜任何困难的力量—-希望!!
有了希望，人类就可以重建世界，有了希望人类就不再需要神明，神治的时代终于结束了，而人类统治世界的时代来临了。雅典娜虽然机关算尽，但是最终未能得逞。
从一开始就被各种势力当作工具的奎爷，终于在最后做了把自己。
奎爷此时心愿已了，可以去和自己的妻女相会了，他已经没有遗憾了，而他也成为了人类真正的英雄。
得到解脱的奎托斯望着失望至极的雅典娜淡然一笑
爱恨情仇俱已休, 相逢一笑泯恩仇
剧终
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