[上古某时]
世界上存在着企图利用强力控制人间历史的众神，它们将力量巨大的"破魔石"给予加利夫，结果加利夫竟无法启用破魔石的能量。致使极度失望的神收回了破魔石。
[上古某时]
仍然试图控制历史进程的神，转向了人类——后来被称为"霸王"的雷斯沃尔。霸王接受的神剑，并从破魔石的母体"天阳之茧"上割下三块威力强大的破魔石——即"晓之断片"（被藏于王墓）、"黄昏之断片"（后达鲁玛斯卡国持有）及"夜光之断片"（后娜布提尼亚国持有）三块破魔石。
[上古某时]
霸王雷斯沃尔借助破魔石之力统一了世界。而这实际上也正在众神对历史走向的干预之实现。
[近代某时]
霸王雷斯沃尔必毕也是人类，难逃一死。霸王死后，各国分裂，进入类似于诸侯割据的时代。
连霸王的后裔都分裂成为北部的"达鲁玛斯卡"与"娜布提尼亚"两国，而昂多鲁侯爵则浮起一个大岛，命为空中都市"比埃路巴"自治区划。真正的霸权转移到军事帝国"阿尔盖迪亚"与"罗斯利亚"两大国手中，双雄并立。
阿尔盖迪亚帝国利用"裁判"来作为法律的代言人，身披重甲管理军务。
[近代某时]
天才科学家希德（首演争议反派）为阿尔盖迪亚帝国的索利多皇族研制出了飞空艇，因此受到索利多皇帝的宠幸，成为其"耳目级"的手下。
此后阿尔盖迪亚借助以FF经典召唤兽命名的飞空艇部队（这应该是本作最恢弘的部分，尽管有仿"星战"之嫌。。。），进入战略扩张时期。
索利多皇帝的两个太子：
哥哥维因以执政官的身份领导侵略行动（战后却能一番演说、说得战败国国民面面相觑），却被掌权的元老会所不满，甚至父皇也利用希德暗中监视该人；弟弟拉萨与裁判•基斯则带兵常驻比埃路巴，实际上已经控制了该地的领主昂多鲁四世。
[现代某时]
众神之一维纳斯不满于神控制人间的行为，因此叛逃至人间，找到了尚武者维因。维因和维纳斯利用希德对破魔石的热切，完全控制了希德。维纳斯则期望通过塑造不灭人维因来打破众神利用破魔石维系的历史规律。
[现代某时]
希德建成比飞空艇还要强大的武器——空中要塞"巴哈姆特"（这个名字。。。）。但因为没有动力，这个巨大的锥体物仍无法启动（胡思乱想、造出不切实际的东西，该不会是科学家的通病吧？）。
同时，希德暗中建立"多拉克罗亚研究所"，在比埃路巴开采魔石矿进行人造破魔石研究。仍不满足的希德又唆使维因攻占霸王后裔娜布提尼亚国与达鲁玛斯卡国，以强占两国的天然破魔石（即霸王割下的其中两块）。
[游戏开始2年前]
为了共同反抗阿尔盖迪亚帝国的阴谋，娜布提尼亚的王子拉斯瑞与达鲁玛斯卡公主艾雪结婚，表明两国同好抗敌。
我在这里曾犯了一个致命史实错误。立改立改！
[游戏开始2年前]
希
德与裁判•扎古特带领庞大的军队进攻娜布提尼亚国首都娜布蒂斯，希德如愿获得战利品破魔石"夜光之断片"，并下令扎古特就地试验破魔石的力量，引发剧烈爆
炸，不分敌我、死伤无数。不满希德做法的扎古特离开了帝国阵营，成为了一名空贼（并在之后某时刻与主角"缘份相遇"的黑脸白胡男。看来空贼真是判国者的理
想职业呢！+巴尔弗雷尔同）。
[游戏开始2年前]
攻陷了娜布蒂斯的帝国军，继续推进，直达达鲁玛斯卡国边境城纳卢比亚（从片头
CG看应当是利桑维亚号飞空艇悬在城头，也就是裁判基斯的部队）。为了给父王报仇的新婚王子拉斯瑞与达鲁马斯卡将军巴修领兵迎敌，结果在强大的帝国军面前
遭遇惨败。连王子拉斯瑞都身中一箭，昏迷不醒。上前救援的巴修将军被困于敌阵之中。
燃烧的飞空艇坠落向娜布蒂斯，巴修趁乱带着拉斯瑞逃走。[/color]
[游戏开始2年前]
中箭的拉斯瑞终于还是死去，娜布提尼亚国就此灭亡。而艾雪也就成为寡妇。
维因假意与达鲁玛斯卡讲和，暗中则派遣长相酷似巴修的巴修之弟——裁判•迦布尔斯——杀害国王，并诬陷于巴修。接着达鲁玛斯卡被占领，希德开始搜寻达鲁玛斯卡国的破魔石"黄昏之断片"。
艾雪被将军沃斯勒及巴修所救，隐瞒身份逃离，而巴修则被诬而遭逮捕。
[游戏开始前0-2年]
受到维因的施压，昂多鲁被迫将"巴修暗杀国王"与"艾雪、巴修已死"的伪事写进其所撰的史书《回顾录》中。
[游戏的开始]
维
因在攻占的达鲁玛斯卡国就任执政官，就职典上梵与空贼巴尔弗雷尔和维拉族的芙兰巧合式地盗走"黄昏之断片"，之后又意外救出了被帝国囚禁的巴修。之后，在
昂多鲁的帮助下，又救出了起义被捕的艾雪。但"黄昏之断片"不幸落入裁判•基斯手中。在试验破魔石威力之时，再次引发爆炸，重演了"娜布蒂斯事件"，致使
帝国"利维桑亚"舰队全灭。
由于基斯炸死自己、而拉萨又放弃了帝国的严厉政策，脱离束缚的昂多鲁开始大量召集反抗军，打算反攻阿尔盖迪亚帝国。而另一军事国罗斯利亚亦企国借此机会攻打帝国。
[游戏中]
维因发动政变，毒杀父皇、嫁祸元老会。
由于反感叛神维纳斯利用维因与席德改写历史的企图，众神赐予艾雪可从天阳之茧上切下新破魔石的剑，然后打算袖手旁观破魔石大战。而拒绝了力量与复仇诱惑的艾雪，改用该剑摧毁了天阳之茧，使所有利用破魔石的企图化为乌有。而希德趁机利用释入出的能量发动了巴哈姆特（结果自己被炸死。也属于"为科学献身"吧。。。）。
罗斯利亚的激进分子终于挑起了战争。昂多鲁被迫率解放军迎战汹汹而来的帝国军队。帝国方面出动巴哈姆特超威力"主炮"，而维因亲自坐阵、裁判•扎巴斯带兵出动。两支军队在达鲁玛斯卡上空展开最后决战！